Однонуклеотидні поліморфізми в послідовностях гена Pina деяких диплоїдних видів роду Aegilops

Simple item page
dc.contributor.authorСозінова, Оксанаuk_UA
dc.contributor.authorБлюм, Ярославuk_UA
dc.date.accessioned2025-09-04T07:17:59Z
dc.date.available2025-09-04T07:17:59Z
dc.date.issued2025
dc.descriptionSpecies of the genus Aegilops L. are a genetic resource for transferring new genes, in particular new alleles of puroindoline genes, into common wheat. Puroindolines a and b are low molecular weight proteins that determine the grain endosperm texture in Triticum aestivum and related species. The aim of the study was to analyze frequencies of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the coding sequences of the Pina gene in diploid Aegilops species in comparison with the reference sequence of the T. aestivum variety Chinese Spring (CS) among sequences available in the NCBI database. Sequences of the Pina gene of diploid Aegilops species were selected from the NCBI database, comprising 32 sequences of Ae. speltoides, 8 sequences of Ae. bicornis, 5 sequences of Ae. sharonensis, 6 sequences of Ae. searsii, 8 sequences of Ae. caudata, 10 sequences of Ae. comosa, and 14 sequences of Ae. umbellulata. The sequence of the puroindoline a gene (the Pina-D1a allele) DQ363911.1 of CS was used as a reference. The sequences were aligned using the MEGA11 software. Among the sequences of the Pina gene of Ae. speltoides, Ae. bicornis, Ae. sharonensis, Ae. searsii, Ae. caudata, Ae. comosa, and Ae. umbellulata, a total of 61 SNPs were detected in the coding sequence. Different species showed between 11 and 30 SNPs. The Aegilops species were characterized with respect to the frequencies of nucleotide substitutions. In the majority of Aegilops species, nonsynonymous substitutions predominate. SNPs at two positions occur in all the diploid Aegilops species, and seven SNPs are characteristic of only the species from the section Sitopsis. Among the Aegilops species, only in Ae. searsii there are species-specific SNPs that are fixed in all its sequences presented in the database.en_US
dc.description.abstractВиди роду Aegilops L. є генетичним ресурсом для перенесення нових генів, зокрема нових алелів генів пуроіндолінів, у пшеницю м’яку. Пуроіндоліни a і b – низькомолекулярні білки, які визначають текстуру ендосперму зерна у Triticum aestivum та споріднених видів. Мета роботи – аналіз частот трапляння однонуклеотидних поліморфізмів (SNP) кодуючих послідовностей гена Pina диплоїдних видів егілопсів порівняно з референсною послідовністю сорту T. aestivum Chinese Spring серед послідовностей, представлених у базі NCBI. З бази даних NCBI було відібрано послідовності гена Pina диплоїдних видів егілопсів: 32 послідовності Ae. speltoides, 8 послідовностей Ae. bicornis, 5 послідовностей Ae. sharonensis, 6 послідовностей Ae. searsii, 8 послідовностей Ae. caudata, 10 послідовностей Ae. comosa та 14 послідовностей Ae. umbellulata. Як референсну послідовність використовували послідовність гена пуроіндоліну a (алель Pina-D1a) DQ363911.1 сорту CS. Послідовності вирівнювали за допомогою програми MEGA 11. Серед проаналізованих послідовностей гена Pina Ae. speltoides, Ae. bicornis, Ae. sharonensis, Ae. searsii, Ae. caudata, Ae. comosa, Ae. umbellulata сумарно виявлено SNP у 61 позиції кодуючої послідовності. У різних видів було від 11 до 30 SNP. Види егілопсів охарактеризовано за частотами трапляння нуклеотидних замін. У більшості видів егілопсів переважають несинонімічні заміни. SNP у двох позиціях трапляються у всіх досліджених диплоїдних видів егілопсів, а сім SNP є притаманними лише видам секції Sitopsis. Серед усіх проаналізованих видів егілопсів тільки Ae. searsii має SNP, що є унікальними для виду і зафіксовані у всіх представлених у базі даних послідовностях.uk_UA
dc.identifier.citationСозінова О. І. Однонуклеотидні поліморфізми в послідовностях гена Pina деяких диплоїдних видів роду Aegilops / Созінова О. І., Блюм Я. Б. // Наукові записки НаУКМА. Біологія і екологія. - 2025. - Т. 8. - С. 55-61. - https://doi.org/10.18523/2617-4529.2025.8.55-61uk_UA
dc.identifier.issn2617-4529
dc.identifier.issn2663-0613
dc.identifier.urihttps://doi.org/10.18523/2617-4529.2025.8.55-61
dc.identifier.urihttps://ekmair.ukma.edu.ua/handle/123456789/36426
dc.language.isoukuk_UA
dc.relation.sourceНаукові записки НаУКМА. Біологія і екологіяuk_UA
dc.statusfirst publisheduk_UA
dc.subjectпуроіндолінuk_UA
dc.subjectSNPen_US
dc.subjectAegilopsen_US
dc.subjectPinaen_US
dc.subjectрадикальні амінокислотні заміниuk_UA
dc.subjectконсервативні амінокислотні заміниuk_UA
dc.subjectсинонімічні заміниuk_UA
dc.subjectстаттяuk_UA
dc.subjectpuroindolineen_US
dc.subjectSNPen_US
dc.subjectAegilopsen_US
dc.subjectPinaen_US
dc.subjectradical amino acid substitutionsen_US
dc.subjectconserved amino acid substitutionsen_US
dc.subjectsynonymous substitutionsen_US
dc.titleОднонуклеотидні поліморфізми в послідовностях гена Pina деяких диплоїдних видів роду Aegilopsuk_UA
dc.title.alternativeSingle nucleotide polymorphisms in Pina gene sequences of some diploid species of the genus Aegilopsen_US
dc.typeArticleuk_UA
Files
Original bundle
Now showing 1 - 1 of 1
Thumbnail Image
Name:
Sozinova_Blium_Odnonukleotydni_polimorfizmy_v_poslidovnostiakh_hena_Pina_deiakykh_dyploidnykh_vydiv_rodu_Aegilops.pdf
Size:
421.24 KB
Format:
Adobe Portable Document Format
Download
License bundle
Now showing 1 - 1 of 1
No Thumbnail Available
Name:
license.txt
Size:
1.71 KB
Format:
Item-specific license agreed upon to submission
Description:
Download
Collections
Том 8