Мінливість послідовностей низки генів Pm у представників TRITICEAE
Loading...
Date
2024
Authors
Плигун, Вікторія
Антонюк, Максим
Journal Title
Journal ISSN
Volume Title
Publisher
Abstract
Мета. Співставлення послідовностей відібраних генів стійкості, розміщених у GenBank, для пошуку типів відмінностей у їхньому нуклеотидному складі та визначення значущості цих відмінностей при створенні праймерів. Методи. Пошук послідовностей проводили у біологічній базі даних GenBank. Порівняння різних сиквенсів одного і того ж гену здійснювали у DnaSP6 через розрахунок критерію Тадзіми для Pm2, Pm3 та критерію Колмогорова-Смірнова у GeneDoc для Pm21. Множинне вирівнювання зробили у CLUSTALW перед тим як працювати у зазначених програмах. Розробляли праймери у Primer3. Результати. Варіабельність порівнюваних послідовностей є у нуклеотидних замінах, інсерціях / делеціях, наявності транспозону в одній з послідовностей Pm3. Найбільш варіабельними є ділянки, які кодують повтори, багаті на лейцин. Послідовності, ізольовані з Triticum dicoccoides, мають дві такі ділянки, в межах кожної деякі зі змін у нуклеотидній послідовності відображатимуться на амінокислотному складі білків. Висновки. Відмінності між порівнюваними послідовностями Pm2, Pm3, Pm21 (у межах кожного з генів) є випадковими (р < 0,05). За результатами вивчення сиквенсів створені комбінації праймерів для ідентифікації послідовностей, характерних для генів стійкості, на доступному рослинному матеріалі.
Description
Aim. Comparison of the sequences of selected resistance genes deposited in GenBank to find types of differences in their nucleotide composition and to determine the significance of these differences for primer design. Methods. Sequence searches were performed in the GenBank biological database. Comparison of different sequences of the same gene was carried out in DnaSP6 by calculating the Tajima test for Pm2, Pm3 and the Kolmogorov-Smirnov test in GeneDoc for Pm21. Multiple alignment was performed in CLUSTALW before using the specified programs. Primers were designed in Primer3. Results. Variability of the compared sequences is represented by nucleotide substitutions, insertions/deletions, the presence of a transposon in one of the Pm3 sequences. The regions coding for leucine-rich repeats are the most variable. The sequences isolated from Triticum dicoccoides have two such regions, within each of which some of the changes in the nucleotide sequence will be reflected in the amino acid composition of the proteins. Conclusions. The differences between the compared sequences of Pm2, Pm3, Pm21 (within each of the genes) are random (p < 0.05). According to the results of the sequences analysis, combinations of primers were developed for the identification of sequences characteristic to resistance genes on the available plant material.
Keywords
гени стійкості, генні продукти, аналіз послідовностей генів, стаття, resistance genes, gene products, analysis of gene sequences
Citation
Плигун В. В. Мінливість послідовностей низки генів Pm у представників TRITICEAE / Плигун В. В., Антонюк М. З. // Фактори експериментальної еволюції організмів. - 2024. - Т. 34.- С. 102-108. - https://doi.org/10.7124/FEEO.v34.1624